A levéltár 1765-ben jött létre az adászteveli egyházkerületi közgyűlés rendelkezésére. Az anyagot egyházmegyék szerint csoportosítva kellett tárolni. Ezzel párhuzamosan a pápai református kollégiumnak is megvolt már a saját levéltára. 1821-ben a főjegyzői levéltár rendezését foglalták határozatba.

Mindezek ellenére a levéltár nem rendelkezett állandó székhellyel. A helyzet csak a hetvenes években változott: 1872-től a főjegyzői, majd 1874-től az egyházkerületi anyag is véglegesen Pápán maradt. 1934-ben az archívum részére az ókollégium udvarán új épületet emeltek, amelyben a teljes levéltári anyagot elhelyezték.

A II. világháború hatalmas pusztulást okozott, a rendezést majdnem elölről kellett kezdeni. 1951-től kezdődött a korszerű követelményeknek is megfelelő levéltárrendezés. Közben kétszer: 1952-ben és 1969-ben is költözött a levéltár, azóta mai helyén van az irategyüttes (Pápa, Csáky u.17.).

Az anyag alapvetően öt fő csoportra bontható:

  1. Az egyházkerület intézményeinek anyaga: egyházkerületi jegyzőkönyvek és ügyviteli iratok, a Gazdasági Tanács és a Pénztári Hivatal iratai, a főjegyzői levéltár, a Pápai Református Főiskola (Kollégium) és egyes szervezeti egységeinek (pl. Theológiai Akadémia és Gimnázium), valamint tisztségviselőinek és diáktársaságainak iratai, a Református Főiskolai Nyomda, a Pápai Református Nőnevelő Intézet anyaga. A 15 fondra tagolódó anyag terjedelme kb. 160 ifm.
  2. Az egyházmegyék anyaga: kilenc egyházmegye mintegy 70 ifm-nyi irategyüttese.
  3. Az egyházközségek anyaga: százon felüli azon gyülekezetek száma, melyek részben vagy teljesen beadták irataikat.
  4. Személyi fondok: püspökök, főjegyzők, kollégiumi igazgatók és tanárok hagyatékát foglalja magában, mennyisége kb. 8 ifm.
  5. Vegyes, világi vonatkozású anyag: egyes családok iratai, középkori oklevélgyűjtemény, vármegyei peres iratok, stb.

A levéltár fond- és állagjegyzéke 1976-ban jelent meg nyomtatásban, a többi kéziratos segédlet a kutatóteremben vehető igénybe. Fénymásoló is áll a kutatók rendelkezésére.